协同创新中心
量子物质科学协同创新中心（中心联合主任：薛其坤、谢心澄、王玉鹏）
重点实验室
低维量子物理国家重点实验室（主任：王亚愚）
研究中心
量子信息前沿科学中心（主任：薛其坤）
清华大学原子分子纳米科学研究中心（主任：王力军）
清华-富士康纳米科技研究中心（主任：范守善）
清华大学-泸州老窖智能检测联合研究中心（主任：李群庆）
研究所
凝聚态物理研究所（所长：于 浦 副所长：柳 鹏）
原子分子与光物理研究所（所长：宁传刚 副所长：刘永椿）
粒子物理核物理天体物理研究所 （所长：安海鹏 副所长：胡 震）
